Mặc dù đã có sự phát triển nhưng ngành dược của Việt Nam hiện nay vẫn còn nhiều tồn tại, hàm lượng kỹ thuật thấp, thiếu định hướng và chưa chủ động được thuốc sản xuất trong nước. Việt Nam hiện đang phải phụ thuộc quá nhiều vào nguyên liệu nhập khẩu cho sản xuất dược phẩm, có tới 90% nguyên liệu phải nhập khẩu. Phần lơn doanh nghiệp tập trung sản xuất những loại thuốc thông thường, chưa có nhiều doanh nghiệp đầu tư sản xuất các loạ thuốc có dạng bào chế đặc biệt và thuốc chuyên khoa đặc trị. Thêm vào đó, mặc dù có tiềm năng về nguồn dược liệu song ngành dược nước ta chưa có sự kết hợp quy hoạch vùng trồng và khai thác dược liệu với sản xuất thuóc.
Chính những điều này đã hạn chế sự phát triển của ngành dược Việt Nam nói chung và xuất khẩu dược phẩm nói riêng. Vấn đề đặt ra cho ngành dược hiện nay là cần phải tìm ra giải pháp đẩy mạnh phát triển công nghiệp dược, tìm hướng đi cho xuất khẩu, nâng cao tỷ trọng xuất khẩu dược phẩm trong thời gian tới.
Bộ Y tế hiện đang tiến hành quy hoạch sắp xếp lại hệ thống doanh nghiệp sản xuất dược phẩm trong nước qua việc khảo sát, đánh giá thực tế năng lực cụ thể của từng nhà máy, xây dựng chương trình trọng điểm quốc gia về khoa học công nghệ dược, thành lập viện nghiên cứu dược để thực hiện công tác nghiên cứu, phát triển các quy trình công nghệ để phục vụ công nghiệp bào chế thuốc. Bên cạnh đó, Bộ Y tế và Bộ công thương cũng đã thống nhất, cần sớm hoành thành quy hoạch phát triển ngành công nghiệp hoá dược và công nghiệp dược.
Trước mắt, Việt Nam cần tập trung xây dựng nhà máy sản xuất dược phẩm đạt tiêu chuẩn "Thực hành tốt sản xuất vắc xin, sinh phẩm y tế" - GMP - WHO. Thuốc là sản phẩm liên quan trực tiếp đến sức khoẻ con người, do đó khi xuất khẩu, các doanh nghiệp dược Việt Nam sẽ vấp phải hàng rào kỹ thuật nghiêm ngặt. GMP là hàng rào đầu tiên và quan trọng nhất đòi hỏi các doanh nghiệp phải vượt qua nếu muốn xuất khẩu dược phẩm. Theo Chiến lượng phát triển Công nghiệp Dược Việt Nam, đến hết năm 2010, tất cả các doanh nghiệp có chức năng sản xuất dược phẩm phải đạt tiêu chuẩn GMP WHO. Theo Cục quản lý Dược - Bộ Y tế, hiện nay có khoảng hơn 100 doanh nghiệp kinh doanh dược của Việt Nam đạt tiêu chuẩm GMP.
Dược phẩm là hàng hoá rất nhạy cảm, ngay cả việc quản lý dược phẩm trong nước hiện nay cũng đang gặp khó khăn, do đó để hướng ra xuất khẩu, các doanh nghiệp cần sự hỗ trợ của các cơ quan Nhà nước trong việc tìm kiếm thông tin về ngành hàng và thị trường, những hoạt động xúc tiến thương mại, khảo sát các thị trường tiềm năng. Hy vọng trong thời gian tới, với sự hỗ trợ của Nhà nước cùng sự năng động của các doanh nghiệp, ngành dược Việt Nam có thể đáp ứng được nhu cầu tiêu dùng của thị trường quốc tế, đóng góp vào nguồn thu ngoại tệ cho đất nước.